Mac mini nabízí následující funkce zabezpečení, které chrání obsah počítače a zabraňují zavedení neautorizovaných aplikací během spouštění:
Bezpečné úložiště: Obsah úložné jednotky Macu mini je pro zvýšení úrovně zabezpečení zašifrovaný pomocí hardwarových klíčů. V případě havárie se může stát, že data nebude možné obnovit. Proto je nutné zálohovat soubory do externího úložiště. Viz článek podpory Apple Informace o Utilitě zabezpečeného spouštění.
Integrita systému (jen čip Apple M1): Čip Apple M1 je navržený tak, aby ověřoval, zda se při spuštění načítá verze softwaru macOS schválená společností Apple, a za chodu dále chránil zavedené autorizace pro macOS. Tím se omezuje riziko napadení Macu malwarem nebo škodlivými webovými stránkami.
Ochrana dat (jen čip Apple M1): Kromě standardního šifrování úložné jednotky v Macu mini s čipem Apple M1 můžou nezávislí vývojáři aplikací k lepší ochraně citlivých dat využívat také šifrování na úrovni souborů, aniž by to jakkoli ovlivnilo výkon systému.
Poznámka: Ve výjimečných případech, například při výpadku napájení v okamžiku, kdy se upgraduje systém macOS, může Mac mini přestat reagovat a může být nezbytné obnovit firmware na čipu T2. Viz článek podpory Apple Informace o zabezpečovacím čipu Apple T2.